Aksi penyadapan komunikasi militer Indonesia oleh badan intelijen Australia, Defence Signals Directorate (DSD), terjadi secara intensif selama masa krisis Timor Timur pada tahun 1999. Penyadapan ini dilakukan di tengah posisi Australia sebagai salah satu tulang punggung United Nations Mission in East Timor (UNAMET), sebuah misi PBB yang bertugas mengawasi jalannya referendum sejak 11 Juni 1999. Fakta terkait kebocoran komunikasi ini sempat dipublikasikan oleh media Sydney Morning Herald pada 14 Maret 2002 dan dikonfirmasi oleh pakar teknologi informasi, Roy Suryo. Jaringan penyadapan tersebut menyasar tokoh-tokoh kunci di Badan Intelijen Negara (BIN) serta para petinggi jajaran TNI dan Polri.
Salah satu temuan awal terekam pada tanggal 9 Februari 1999, di mana DSD mendeteksi penyusupan satuan elite Kopassus bersandi Satgas Tribuana di bawah pimpinan Letkol Yayat Sudrajat ke Timor Timur, yang dicurigai menjalankan misi terselubung. Meskipun Letkol Yayat kemudian membantah keterlibatan Kopassus dalam kerusuhan Liquica dan divonis bebas oleh Pengadilan HAM Ad Hoc pada akhir 2002, intelijen Australia telah merekam komunikasi antara Satgas Tribuana dan Eurico Guterres pada 14 Februari 1999. Dalam percakapan tersebut, pihak Tribuana menanyakan korban dari kubu laskar Mahidi (milisi pro-integrasi pimpinan Eurico) dan menjamin adanya perhatian serta kepedulian dari Brigjen Simbolon terhadap anak buah Eurico yang terluka.
Kedekatan hubungan antara pihak militer Indonesia dengan milisi pro-integrasi semakin diperkuat oleh rekaman penyadapan tertanggal 5 Mei 1999 antara Komandan Korem 164/Wiradharma, Kolonel Tono Suratman, dengan Eurico Guterres. Dalam komunikasi tersebut, Kolonel Tono menanyakan titik kekuatan massa pro-integrasi yang siap menunjukkan eksistensinya, yang kemudian direspons oleh Eurico dengan melaporkan adanya 400 milisi yang bersiaga di luar sebuah hotel di Dili. Atas rangkaian peristiwa kerusuhan pasca-referendum, Eurico sempat dijatuhi hukuman 10 tahun penjara pada tahun 2002 sebelum akhirnya dibebaskan oleh Mahkamah Agung di tingkat Peninjauan Kembali (PK), sementara Kolonel Tono tetap melanjutkan karier militernya hingga berpangkat Mayor Jenderal.
Operasi intelijen Australia juga berhasil membongkar peran balik layar TNI dalam menggerakkan demonstrasi massal anti-UNAMET melalui penyadapan terhadap petinggi Badan Intelijen Strategis (BAIS) ABRI, Brigjen Ariffudin. Rekaman bertanggal 9 Agustus 1999 tersebut mengungkap bahwa pihak TNI memfasilitasi logistik berupa penyediaan material demonstrasi seperti bendera dan atribut pakaian, dengan rincian 5.000 kaos telah siap dan 10.000 kaos lainnya sedang dalam proses produksi. Selain itu, DSD menangkap pembicaraan antara Mayjen Zaky Anwar Makarim dengan seorang perwira kepolisian yang membahas mengenai teknis pelaksanaan penghitungan suara hasil referendum.
Memasuki fase akhir menjelang pelaksanaan pemungutan suara, DSD merekam pembicaraan antara perwira TNI dengan politikus pro-Indonesia, Francisco Xavier Lopez da Cruz, pada tanggal 21 Agustus 1999 yang membahas pembentukan tim pemburu Kopassus bernama Kiper-9 untuk menyasar tokoh pro-kemerdekaan dan pembelot. Selanjutnya, pada 20 September 1999, Australia kembali menyadap diskusi krusial antara Mayjen Zaky Anwar Makarim, Letjen Yunus Yosfiah, dan Letjen Hendropriyono mengenai rencana "pemindahan populasi". Langkah ini disinyalir sebagai strategi antisipasi dari pihak militer jika hasil referendum yang digelar pada 30 Agustus 1999 tersebut dimenangkan oleh kelompok pro-kemerdekaan.