Francisco Xavier Lopes da Cruz lahir di Maubara pada tanggal 2 Desember 1941 sebagai anak ketiga dari sembilan bersaudara. Ia tumbuh di lingkungan keluarga yang religius, di mana kedua orang tuanya, Humberto Lopes da Cruz dan Rita da Costa Lopes da Cruz, berprofesi sebagai guru agama sekolah dasar di tanah kelahirannya. Perjalanan pendidikan awal membawanya masuk ke Seminari Menengah Nossa Senhora da Fatima milik Serikat Yesus di Soibada, meskipun ia tidak menyelesaikannya hingga tamat. Lopes da Cruz kemudian melanjutkan studi filsafat di Universitas Makau dan sempat menjalani dinas militer sebagai bintara angkatan darat Portugal yang dikirim bertempur melawan Frelimo di Mozambik.
Sekembalinya ke Timor Portugis, Lopes da Cruz memulai karier politiknya sebagai wakil partai Ação Nacional Popular (Aksi Rakyat Nasional) di dalam dewan legislatif wilayah tersebut, sembari bekerja sebagai pegawai bea cukai. Kariernya di dunia jurnalistik tercatat saat ia menjabat sebagai pemimpin redaksi surat kabar A Voz de Timor sejak 13 September 1974 hingga akhir Juni 1975, sebelum akhirnya posisi tersebut diambil alih oleh anggota Fretilin. Pasca-Revolusi Anyelir di Portugal yang membuka jalan bagi kemerdekaan wilayah koloni, ia menjadi salah satu pendiri partai Uni Demokrasi Timor (UDT) dan kemudian naik menjadi ketua umum menggantikan Mário Viegas Carrascalão yang dipaksa mundur. Sebagai ketua UDT, ia mengusulkan peta jalan kemerdekaan bertahap dalam kurun waktu sepuluh hingga lima belas tahun di bawah bimbingan Portugal, namun gagasan tersebut kurang mendapat respons dari pemerintah pusat.
Ketegangan politik di Timor Portugis memuncak pada Agustus 1975 ketika UDT melancarkan kudeta untuk merebut kekuasaan sekaligus memancing intervensi Indonesia guna membendung pengaruh Fretilin. Di tengah kemelut tersebut, Lopes da Cruz justru ditangkap oleh rekan separtainya sendiri, João Viegas Carrascalão dan Domingos de Oliveira, atas tuduhan bekerja sama secara rahasia dengan pihak Indonesia. Setelah Fretilin memenangkan perang saudara singkat dan mendeklarasikan kemerdekaan sepihak pada 28 November 1975, Lopes da Cruz bersama para pendukung UDT dan Apodeti melarikan diri ke Timor Barat. Kehadiran para pengungsi ini kemudian dijadikan pembenaran oleh Indonesia untuk meluncurkan invasi besar-besaran pada 7 Desember 1975 demi menganeksasi wilayah tersebut.
Pasca-invasi, sebuah majelis rakyat bentukan dinas rahasia Indonesia meloloskan petisi integrasi tanpa referendum pada 31 Mei 1976, dan Lopes da Cruz menjadi bagian dari delegasi yang menyerahkan petisi tersebut langsung kepada Presiden Soeharto. Setelah Timor Timur resmi bergabung sebagai provinsi ke-27 Indonesia pada 17 Juli 1976, ia diangkat menjadi Wakil Gubernur pertama wilayah tersebut pada 4 Agustus 1976 dan mengemban jabatan itu hingga tahun 1982. Selain menjadi birokrat, ia dipercaya sebagai penasihat khusus Presiden Soeharto untuk urusan Timor Timur serta menjadi pemilik dari Suara Timor Timur, satu-satunya surat kabar swasta di provinsi tersebut. Kesetiaannya pada Indonesia terus berlanjut hingga referendum 1999, di mana ia menjabat sebagai Sekretaris Jenderal Barisan Rakyat Timor Timur (BRTT) dan aktif mengampanyekan opsi otonomi khusus agar wilayah tersebut tetap berintegrasi.
Setelah Timor Leste berpisah dari Indonesia, Lopes da Cruz melanjutkan pengabdiannya di jalur diplomasi internasional sebagai Duta Besar Republik Indonesia untuk Yunani dari tahun 2000 hingga 2003, yang kemudian dilanjutkan dengan tugas sebagai Duta Besar RI untuk Portugal. Di luar karier diplomatiknya, ia memiliki sebuah relik bersejarah berupa bendera Portugal terakhir yang pernah berkibar di koloni Timor yang terus ia simpan dengan baik. Dalam sebuah wawancara pada tahun 2019, ia tetap teguh membela kebijakan pendudukan Indonesia di masa lalu dengan menyatakan bahwa mayoritas korban jiwa timbul akibat perang saudara antarsesama orang Timor, serta menegaskan bahwa Portugal-lah yang seharusnya meminta maaf atas penarikan mundurnya yang tidak bertanggung jawab. Atas segala sumbangsih dan loyalitasnya kepada negara, Pemerintah Indonesia menganugerahinya tanda kehormatan tertinggi Bintang Mahaputera Utama pada tahun 2025.